فصلنامه نفس

چکیده

زمینه: ظهور و جایگزینی متوالی واریانت‌های SARS‑CoV‑2، مراقبت ژنومی را به یکی از ارکان پایش کووید-۱۹ تبدیل کرد. بیمارستان دکتر مسیح دانشوری به‌عنوان یکی از مراکز ارجاعی بیماری‌های تنفسی در ایران، طی موج‌های مختلف همه‌گیری پذیرای شمار زیادی از بیماران مبتلا به کووید-۱۹ بود. این مطالعه با هدف توصیف پویایی زمانی واریانت‌های آلفا، دلتا و اومیکرون در نمونه‌های بیماران بستری این مرکز و بررسی ارتباط نوع واریانت با سن و جنس بیماران انجام شد.

روش: در این مطالعه توصیفی- مقطعی، ۱۵۵ نمونه تنفسی آرشیوی واجد معیارهای کنترل کیفیت، جمع‌آوری‌شده از ۹ اردیبهشت ۱۴۰۰ تا ۲۰ اردیبهشت ۱۴۰۲ در بیمارستان دکتر مسیح دانشوری بررسی شد. تعیین توالی کل ژنوم با فناوری Oxford Nanopore انجام شد. دودمان‌ها با Pangolin و کلادهای ژنومی با Nextclade تعیین شدند. سن با تحلیل واریانس یک‌طرفه و آزمون Kruskal-Wallis و ارتباط جنس با نوع واریانت با آزمون کای‌دو ارزیابی شد.

یافته ها: میانگین سن بیماران ۵۸ سال (انحراف معیار ۳/۱۹) بود، ۸۶ نفر (۵/۵۵٪) مرد و ۶۹ نفر (۵/۴۴٪) زن بودند. از ۱۵۵ نمونه، ۲۱ نمونه (۵/۱۳٪) آلفا، ۵۹ نمونه (۱/۳۸٪) دلتا و ۷۵ نمونه (۴/۴۸٪) اومیکرون بودند. در مجموعه مطالعه، آلفا در ابتدای بازه آزمایش، سپس دلتا و در ادامه اومیکرون مشاهده شد.

 نتیجه‌گیری: مجموعه نمونه‌های تعیین توالی‌شده، تغییر متوالی آلفا به دلتا و سپس اومیکرون را نشان داد، بدون آن‌که تفاوت معناداری در سن یا جنس بیماران بین واریانت‌ها مشاهده شود. به دلیل تک‌مرکزی بودن مطالعه، انتخاب هدفمند نمونه‌های مناسب برای توالی‌یابی با اولویت Ct پایین‌تر و نامتوازن بودن نمونه‌گیری زمانی، فراوانی واریانت‌ها نباید به‌عنوان برآورد شیوع در جمعیت عمومی تفسیر شود.