شاپا: 2322-4517

دوره 7 شماره 1 (1399)

مقالات پژوهشی اصلی


بررسی بیوانفورماتیکی نقش احتمالی RNA های کوچک ویروسی در بیماری زایی ویروس SARS-CoV-2

انسیه خادم الحسینی, امیرحسین احمدی, سیدجواد حسینی

نفس: فصلنامه تخصصی دستگاه تنفس, دوره 7 شماره 1 (1399), 4 June 2020

از زمان ظهور کووید-۱۹ در نوامبر ۲۰۱۹ میلادی، این بیماری به بزرگترین چالش جهان تبدیل شده­است به ویژه در زمانی که همچنان واکسن موثری برای مقابله با آن وجود ندارد. شناخت مکانیسم‌های بیماری­زایی ویروس SARS-CoV-2 به شناخت درمان‌های مناسب برای آن کمک می‌کند. اخیرا نقش RNAهای کوچک ویروسی (svRNA) در بیماری­زایی ویروس SARS-CoV مورد توجه قرار گرفته­است. با توجه به مشابهت بالای ژنوم ویروس‌های SARS-CoV-2‌ و SARS-CoV هدف از مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی حاضر بررسی حضور این svRNA‌ها در ژنوم SARS-CoV-2 و یافتن ژن‌های هدف آنها در انسان است.


از روش BLASTN برای یافتن مشابهت بین توالی سه svRNA مربوط به ویروس SARS-CoV با توالی احتمالی آن‌ها در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV استفاده شد. برای پیش­بینی ژن‌های هدف svRNA از نرم­ افزار آنلاین TargetScanHuman custom version 5.2 استفاده شد. از وب­سایت Enrichr برای بررسی غنی شدن ژن‌های هدف svRNA در مسیرهای KEGG استفاده شد. شبکه برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین ژن‌های هدف با نرم­افزار Cytoscape رسم و از افزونه‌های MCOD و Cytohubba به ترتیب برای تعیین ماژول‌ها و ژن‌های مرکزی شبکه استفاده شد.


از میان سه svRNA شناخته شده در ژنوم ویروس SARS-CoV، توالی svRNA-N در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV به میزان زیادی حفاظت ­شده­ است. همچنین پیش­بینی شده که svRNA-N قادر به هدف قرار دادن ۱۳۰ ژن مختلف است که بیشتر در مسیر پیام­رسانی Rap1‌ تمرکز دارند. همچنین ژن‌های مربوط به ماژول‌های پروتئینی بیشتر در مسیر پیام­رسانی TGF-β تمرکز می‌یابند.


داده‌های حاصل از مطالعه‌ی حاضر مطالعه‌ی بیشتر بر روی نقش svRNA-N در روند بیماری­ زایی SARS-CoV-2 و امکان استفاده از مولکول آنتی­سنس علیه آن به عنوان راهکاری در کاهش آسیب‌های ریوی کووید-۱۹ را پیشنهاد می‌دهد.