بررسی بیوانفورماتیکی نقش احتمالی RNA های کوچک ویروسی در بیماری زایی ویروس SARS-CoV-2: نقش svRNA‌ ها در بیماری¬زایی SARS-CoV-2 - خادم الحسینی, انسیه; احمدی, امیرحسین; حسینی, سیدجواد (فصلنامه نفس, 2020)
از زمان ظهور کووید-۱۹ در نوامبر ۲۰۱۹ میلادی، این بیماری به بزرگترین چالش جهان تبدیل شدهاست به ویژه در زمانی که همچنان واکسن موثری برای مقابله با آن وجود ندارد. شناخت مکانیسم‌های بیماریزایی ویروس SARS-CoV-2 به شناخت درمان‌های مناسب برای آن کمک می‌کند. اخیرا نقش RNAهای کوچک ویروسی (svRNA) در بیماریزایی ویروس SARS-CoV مورد توجه قرار گرفتهاست. با توجه به مشابهت بالای ژنوم ویروس‌های SARS-CoV-2‌ و SARS-CoV هدف از مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی حاضر بررسی حضور این svRNA‌ها در ژنوم SARS-CoV-2 و یافتن ژن‌های هدف آنها در انسان است. از روش BLASTN برای یافتن مشابهت بین توالی سه svRNA مربوط به ویروس SARS-CoV با توالی احتمالی آن‌ها در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV استفاده شد. برای پیشبینی ژن‌های هدف svRNA از نرم افزار آنلاین TargetScanHuman custom version 5.2 استفاده شد. از وبسایت Enrichr برای بررسی غنی شدن ژن‌های هدف svRNA در مسیرهای KEGG استفاده شد. شبکه برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین ژن‌های هدف با نرمافزار Cytoscape رسم و از افزونه‌های MCOD و Cytohubba به ترتیب برای تعیین ماژول‌ها و ژن‌های مرکزی شبکه استفاده شد. از میان سه svRNA شناخته شده در ژنوم ویروس SARS-CoV، توالی svRNA-N در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV به میزان زیادی حفاظت شده است. همچنین پیشبینی شده که svRNA-N قادر به هدف قرار دادن ۱۳۰ ژن مختلف است که بیشتر در مسیر پیامرسانی Rap1‌ تمرکز دارند. همچنین ژن‌های مربوط به ماژول‌های پروتئینی بیشتر در مسیر پیامرسانی TGF-β تمرکز می‌یابند. داده‌های حاصل از مطالعه‌ی حاضر مطالعه‌ی بیشتر بر روی نقش svRNA-N در روند بیماری زایی SARS-CoV-2 و امکان استفاده از مولکول آنتیسنس علیه آن به عنوان راهکاری در کاهش آسیب‌های ریوی کووید-۱۹ را پیشنهاد می‌دهد.